Dit betekent echter niet dat deze hoofdregel voor elk bedrijf noodzakelijk of haalbaar is. Daarom is er in het Bal maatwerkruimte opgenomen. Hiermee kan het bevoegd gezag een lokale afweging maken en afwijken van de algemene regels voor diffuse emissies. Zo kunnen voorschriften worden opgesteld die beter aansluiten bij de specifieke situatie ter plaatse.
Voor complexe bedrijven die vallen onder afdeling 3.3 van het Bal gelden de algemene regels in hoofdstuk 4 echter niet. In dat geval moet de impact van diffuse emissies door opslag van goederen worden geregeld in de omgevingsvergunning.
Het bevoegd gezag kan dus de lokale situatie beoordelen en alternatieve maatregelen toestaan via maatwerk. In de praktijk zal hierdoor vaker maatwerk nodig zijn dan voorheen onder het Activiteitenbesluit het geval was.